磁浮子液位計在使用中會出現一些故障，主要表現為液位不變化、液位突變、面板指示不準，遠傳與現場指示不一致等故障。從磁浮子的結構進行分析，可把上述故障細分為以下四部分。
一、臟污
浮子外表附著污物是磁浮子液位計故障的主要原因。
外裝式磁浮子液位計
    浮子本身帶有磁性，長期使用中液體中的雜質會逐漸吸附到浮子外表特別是帶有磁性的外表面，導致浮子外表畸形變大，在測量筒中空間減小，與測量筒內壁摩擦力變大，出現浮子卡澀現象，情況嚴重時會卡在測量筒中，致使磁浮子液位計的液位不變化或間歇性的液位突變。
    磁浮子磁性外表面處吸附的污物減弱了磁性，浮子外部面板磁珠和遠傳測量桿所受到磁性減弱致使顯示不準，嚴重時無法感受磁性而失靈。
    測量筒中的液體長期處于不流動的狀態，液體變質污物沉淀增多，加重了磁性浮子外表面和測量筒內壁的臟污程度，使磁性浮子上下浮動的摩擦力變大，而出現間歇性畫直線的故障現象。
內裝式磁浮子液位計
    雖然測量浮子本身不帶磁性，但長期處于液體中，浮子表面也會吸附一些雜質，特別是被測介質為污水、污油等臟污液體時，浮子吸附污物的現象很嚴重。
污物的清理
    對待臟污引起的磁浮子液位計故障的處理沒有*的法子，只能人工拆卸清洗。外裝式磁浮子液位計要把儀表前方的手閥關閉排污泄壓后從測量筒下方的密封法蘭處拆卸，取出浮子用抹布和清水清洗，內浮子液位計需要把儀表拆卸放倒對浮子污物進行清除。
二、面板故障
    現場使用的磁浮子液位計常常會出現面板的磁珠指示不準確，液位指示不連續，代表液位的紅色磁珠中有白色顯示，空液位的白色磁珠中有一部分是紅色液位指示，情況糟糕的時候紅白磁珠雜亂不堪。
    故障分析：面板使用過久，有的磁珠出現消磁現象，磁珠之間有贓物卡澀，測量筒中的磁球磁性消弱，浮子上升下降太快（卡澀時）面板來不及反應。
    處理：用一塊小磁鐵或帶有磁性的螺絲刀先確定測量筒內磁浮子的高度位置，然后在浮子處向下緩慢畫過面板的磁珠讓其磁珠全部變為紅色，對于磁浮子上方的磁珠處理方法也是如此，讓其全部變為白色。如果無法消除檢查面板之間磁珠有無卡澀、變形現象并進行處理，若仍無法解決則需更換面板。